部分纳税人隐瞒收入，采取购进货物和销售货物均不入账的手段偷逃税款，对取得的进项专用发票不进行认证抵扣，形成滞留发票。
部分财会人员将进项发票不慎丢失，为避免担责，未向企业财务等有关部门报告，形成滞留发票。
出现地震、洪涝灾害或者持有未认证的增值税专用发票财会人员忽然死亡等客观情况，形成滞留发票。
销售方发票虽已开具但因合同纠纷(如：购货方未支付货款等)不予交付，造成购货方超期未认证形成滞留发票。
购货方虽改为一般纳税人，但在小规模纳税人期间取得的增值税专用发票不能抵扣。
购进免税货物取得的增值税专用发票不得认证；购进货物用于非应税项目的专用发票不得认证。
购货方取得增值税专用发票后，在专票认证前将货物用于非应税项目，如发放职工福利等行为，自行将该发票不予抵扣认证，导致出现滞留发票。
